- О биоресурсных коллекциях СПбГУ
- Общие положения
- Состав Коллекций СПбГУ и основные принципы их организации
- Правила хранения Коллекций
- Основные правила и принципы пополнения Коллекций
- Предоставление коллекционных материалов для научных и образовательных целей
- Образцы биоресурсных коллекций ВИР открывают огромные возможности для современной науки
- Директор ВИР: Главное- осмысленное применение открывшихся возможностей геномных исследований образцов биоресурсных коллекций
- Использование биоресурсной коллекции в образовании
- ПРАВИТЕЛЬСТВО РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
- ПОСТАНОВЛЕНИЕ
- от 22 апреля 2019 г. № 479
- МОСКВА
- (В редакции постановлений Правительства Российской Федерации от 17.10.2019 № 1331, от 28.08.2021 № 1441)
- (В редакции постановлений Правительства Российской Федерации от 17.10.2019 № 1331, от 28.08.2021 № 1441)
- I. Состояние развития генетических технологий в Российской Федерации
О биоресурсных коллекциях СПбГУ
Общие положения
Настоящее Положение о биоресурсных коллекциях федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет» (далее — Положение) регулирует основные вопросы, касающиеся состава, доступа, хранения, организации работы и иные аспекты деятельности СПбГУ в части биоресурсных коллекций (далее — Коллекции) и определяет порядок осуществления учета, ведения документации, комплектования, хранения и использования Коллекций, обеспечения юридической, информационной, интеллектуальной и физической сохранности и безопасности Коллекций.
Состав Коллекций СПбГУ и основные принципы их организации
Каждая Коллекция имеет руководителя (автор Коллекции или иное лицо, назначенное локальным нормативным актом), и, при необходимости, кураторов отдельных составных частей Коллекции. Руководитель и куратор Коллекции назначаются проректором по научной работе СПбГУ. Руководитель и кураторы отвечают за решение всех вопросов, связанных с поддержанием Коллекций, обеспечением сохранности коллекционных материалов, предоставление коллекционных материалов для исследований и актуальной информации о фондах Коллекции.
Каждая Коллекция имеет комплект сопроводительных документов, а именно
Каталог и журналы, указанные в пунктами 2.3.2 и 2.3.3, ведутся в электронном варианте и на бумажных носителях (наличие электронной версии каталога обязательно). Ответственный за составление, ведение и хранение каталога (журнала) назначается руководителем Коллекции. Электронная версия каталога размешается на сайте СПбГУ.
Правила хранения Коллекций
Коллекционные материалы хранятся в соответствии с методиками, разработанными или принятыми для конкретной Коллекции, с учетом особенностей коллекционных образцов согласно пункту 2.3 Положения. Указанные методики должны обеспечивать сохранность коллекционных материалов.
Основные правила и принципы пополнения Коллекций
Пополнение Коллекций производится следующими основными способами
Новые образцы включают в состав Коллекции при условии, что
Целесообразность включения новых образцов в Коллекцию определяется руководителем и (или) кураторами, при необходимости — после обсуждения с независимым экспертом. В случае покупки или обмена правила использования приобретенных материалов определяются на основании Соглашения, заключенного между взаимодействующими сторонами. Данные о новых поступлениях (для Коллекций живых организмов) включаются в каталог Коллекции только после того, как объект был адаптирован к воспроизведению на базе Коллекции и получен образец, устойчиво воспроизводимый в течение длительного промежутка времени.
Предоставление коллекционных материалов для научных и образовательных целей
Материалы Коллекций (основных фондов) предоставляются для всех пользователей на основе единых установленных правил.
Материалы Коллекций живых организмов предоставляются по запросу пользователей посредством воспроизведения дубликата коллекционного объекта, который и передается, с соответствующими рекомендациями. При этом исходный объект сохраняется в Коллекции.
Любую деятельность с использованием материалов Коллекций следует организовывать таким образом, чтобы не нарушалась сохранность базовых (основных) коллекционных фондов.
Сотрудники СПбГУ в научно-исследовательских и образовательных целях используют материалы Коллекций бесплатно. При публикации данных, полученных с использованием материалов Коллекций, обязательно указывается ссылка на Коллекцию. При использовании материалов Коллекций в образовательных целях, в рабочей программе дисциплины необходимо указывать использование соответствующей Коллекции.
Предоставление материалов сотрудникам сторонних учреждений для научно-исследовательской работы с последующей публикацией результатов или для коммерческого использования осуществляется на основании Соглашения о научно-исследовательском сотрудничестве (далее — Соглашение) или Договора об оказании платных услуг (далее — Договор) соответственно. При этом в указанных документах должны обязательно присутствовать следующие пункты
Стоимость материалов Коллекций определяется затратами на его хранение, проведение контрольных исследований, обязательных накладных расходов и налоговых платежей.
При предоставлении материалов Коллекций в зарубежные научно-исследовательские учреждения вместо Соглашения или Договора возможно заключение Соглашения о передаче материалов, в котором определяются все основные права и обязанности взаимодействующих сторон.
Образцы биоресурсных коллекций ВИР открывают огромные возможности для современной науки
В рамках лекции «РАЦИОНАЛЬНОЕ УПРАВЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИНФОРМАЦИЕЙ БИОРЕСУРСНЫХ КОЛЛЕКЦИЙ В ЭПОХУ ЦИФРОВИЗАЦИИ И ПОСТГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ», представленной директором ВИР Еленой Хлесткиной на 12-й Международной школе молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020, этот вопрос был рассмотрен на примере коллекций генетических ресурсов растений.
Елена Хлесткина напомнила, что история коллекций генетических ресурсов растений, которые имеют ключевое значение для продовольственной безопасности планеты, началась в России на рубеже XIX-XX вв.
«Эта работа с самого начала основывалась на систематизации и анализе данных, которые в полной мере, даже с высоты сегодняшнего дня, можно назвать «большими данными», – подчеркнула она. – Велось документирование и анализ количественных оценок всего спектра хозяйственно полезных свойств, а также физиологических и биохимических показателей, у наиболее значимых культур с привязкой к генотипу (сорту/сортообразцу), к местности и времени (со всеми сопутствующими данными, касающимися географического положения, климата, почв, конкретных погодных условий в год испытаний).
Одновременно с накоплением и анализом оценочных данных велось сохранение эталонных образцов изучаемого материала. Эта работа, развернутая в Бюро по прикладной ботанике при Ученом комитете Министерства земледелия и государственных имуществ Российской Империи, созданном в 1894 году, была многократно масштабирована и вышла на новый качественный уровень с начала 1920-х гг. под руководством Николая Ивановича Вавилова. В 1920г. Вавилов стал директором Бюро, ныне – Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И.Вавилова (ВИР). Широкомасштабные работы по сбору генетических ресурсов растений из разных уголков планеты сопровождались испытанием этого мирового разнообразия на многочисленных опытных участках страны. Велось сопоставление данных «генотип» – «фенотип» – «условия внешней среды». Это прообраз сегодняшнего анализа ассоциаций “GWAS”, только в отличие от нашего времени тогда работы проводились без возможности анализа на уровне ДНК».
С накоплением оценочных и описательных данных об образце генетических ресурсов растений возрастает ценность самого образца.
По мнению директора ВИР, не менее важным являются так называемая «паспортная» информация об образце (название, место его происхождения, ботаническая принадлежность, дата включения в коллекцию и т.д.) и гербарный ваучер.
«Такой научно систематизированный подход к генетическим ресурсам позволил надежно сохранять идентифицированный материал и эффективно использовать его в селекционных программах, – отметила Елена Хлесткина. – А сегодня именно совокупность «образцы генетических ресурсов растений (как физические носители генетической информации) + четко привязанные к каждому образцу паспортные, описательные и оценочные данные» является бесценным ресурсом для осмысленного и эффективного применения открывшихся возможностей высокопроизводительного генотипирования для ассоциативного картирования новых селекционно значимых локусов генома.
В условиях, когда масштабы накопленных биоресурсных коллекций сельскохозяйственных растений огромны, а ресурсы на секвенирование и качественный анализ данных (с учетом большого размера и сложности геномов данных объектов) отнюдь не бесконечны, ключевым является расстановка приоритетов: геномы каких образцов, как и в какой последовательности изучать, и главное, с какой конечной целью? Важно, чтобы конечный результат этих дорогостоящих исследований был по-настоящему практически значимым. Для расстановки приоритетов и определения конечной цели ключевую роль играют оценочные данные, накопленные в результате многолетних наблюдений за конкретными образцами коллекций генетических ресурсов растений, позволяющие делать правильно структурированные выборки, включающие носителей потенциально новых аллелей для генотипирования и дальнейшего ассоциативного картирования».
Работа по накоплению оценочных данных образцов коллекции в актуальных условиях (географических, климатических, агротехнологических) продолжается и сегодня она плавно перестраивается под возможность одновременного проведения полногеномного анализа ассоциаций «генотип-фенотип».
«Вместе с тем, принцип сохранения генетической целостности образцов предполагает, что в большинстве случаев (особенно в отношении генресурсов перекрестно опыляемых культур и образцов староместных сортов и диких родичей, представленных не «клонами», а популяциями) за одним образцом генетических ресурсов растений стоит ансамбль генотипов, – отметила Елена Хлесткина. – Это означает, что за высокопроизводительным генотипированием одного такого образца будет, по сути, стоять анализ геномов нескольких десятков индивидуальных организмов. Более того, потомство каждого такого генотипированного индивидуума для максимально эффективного использования извлеченной геномной информации в свою очередь должно быть включено в качестве отдельного образца для поддержания в коллекции».
«Таким образом, – подытожила она, – с одной стороны современные возможности геномики и биоинформатики привносят коррективы в управление и использование биоресурсных коллекций, а, с другой стороны именно биоресурсные коллекции, как научно систематизированные собрания генетического разнообразия, должным образом задокументированные и должным образом поддерживаемые в живом виде, позволяют осмысленно подойти к использованию современных методических возможностей и рационально тратить кадровый, временной и материальный ресурс, затрачиваемый на постгеномные исследования».
Напомним, что Международные школы молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» ежегодно проводит Федеральный Исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН; на них приезжают более 100 молодых ученых из России и более 10 других стран.
Однако в этом году мероприятие проходит не в традиционном Новосибирске, а в Крыму и организовано силами четырех организаций: НИЦ «Курчатовский институт» ( Москва), ИЦиГ СО РАН (Новосибирск), «Никитский ботанический сад — Национальный научный центр» (Ялта, пгт Никита) и ФГАОУ ВО «Севастопольский государственный университет», СевГУ ( Севастополь).
Директор ВИР: Главное- осмысленное применение открывшихся возможностей геномных исследований образцов биоресурсных коллекций
Современные возможности работы с большими данными позволяют по-новому взглянуть на использование «живых носителей» генетической информации, хранящихся в составе биоресурсных коллекций. В рамках лекции «РАЦИОНАЛЬНОЕ УПРАВЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИНФОРМАЦИЕЙ БИОРЕСУРСНЫХ КОЛЛЕКЦИЙ В ЭПОХУ ЦИФРОВИЗАЦИИ И ПОСТГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ», представленной директором ВИР Еленой Хлесткиной на 12-й Международной школе молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» / 12th International young scientists school «System Biology and Bioinformatics», SBB-2020, этот вопрос был рассмотрен на примере коллекций генетических ресурсов растений.
Елена Хлесткина напомнила, что история коллекций генетических ресурсов растений, которые имеют ключевое значение для продовольственной безопасности планеты, началась в России на рубеже XIX-XX вв. “Эта работа с самого начала основывалась на систематизации и анализе данных, которые в полной мере, даже с высоты сегодняшнего дня, можно назвать «большими данными», – подчеркнула она. – Велось документирование и анализ количественных оценок всего спектра хозяйственно полезных свойств, а также физиологических и биохимических показателей, у наиболее значимых культур с привязкой к генотипу (сорту/сортообразцу), к местности и времени (со всеми сопутствующими данными, касающимися географического положения, климата, почв, конкретных погодных условий в год испытаний). Одновременно с накоплением и анализом оценочных данных велось сохранение эталонных образцов изучаемого материала. Эта работа, развернутая в Бюро по прикладной ботанике при Ученом комитете Министерства земледелия и государственных имуществ Российской Империи, созданном в 1894 году, была многократно масштабирована и вышла на новый качественный уровень с начала
1920-х гг. под руководством Николая Ивановича Вавилова. В 1920г. Вавилов стал директором Бюро, ныне – Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И.Вавилова (ВИР). Широкомасштабные работы по сбору генетических ресурсов растений из разных уголков планеты сопровождались испытанием этого мирового разнообразия на многочисленных опытных участках страны. Велось сопоставление данных «генотип» – «фенотип» – «условия внешней среды». Это прообраз сегодняшнего анализа ассоциаций “GWAS”, только в
отличие от нашего времени тогда работы проводились без возможности анализа на уровне ДНК”.
С накоплением оценочных и описательных данных об образце генетических ресурсов растений возрастает ценность самого образца. По мнению директора ВИР, не менее важным являются так называемая «паспортная» информация об образце (название, место его происхождения, ботаническая принадлежность, дата включения в коллекцию и т.д.) и гербарный ваучер. “Такой научно систематизированный подход к генетическим ресурсам позволил надежно сохранять идентифицированный материал и эффективно использовать его в селекционных программах, – отметила Хлесткина. – А сегодня именно совокупность «образцы генетических ресурсов растений(как физические носители генетической информации) + четко привязанные к каждому образцу паспортные, описательные и оценочные данные» является бесценным ресурсом для осмысленного и эффективного применения открывшихся возможностей высокопроизводительного генотипирования для ассоциативного картирования новых селекционно значимых локусов генома. В условиях, когда масштабы накопленных биоресурсных коллекций сельскохозяйственных растений огромны, а ресурсы на секвенирование и качественный анализ
данных (с учетом большого размера и сложности геномов данных объектов) отнюдь не бесконечны, ключевым является расстановка приоритетов: геномы каких образцов, как и в какой последовательности изучать, и главное, с какой конечной целью? Важно, чтобы конечный результат этих дорогостоящих исследований был по-настоящему практически значимым. Для расстановки приоритетов и определения конечной цели ключевую роль играют оценочные данные, накопленные в результате многолетних наблюдений за конкретными образцами коллекций генетических ресурсов растений, позволяющие делать правильно структурированные выборки, включающие носителей потенциально новых аллелей для генотипирования и дальнейшего ассоциативного картирования”.
Работа по накоплению оценочных данных образцов коллекции в актуальных условиях (географических, климатических, агротехнологических) продолжается и сегодня она плавно перестраивается под возможность одновременного проведения полногеномного анализа ассоциаций “генотип-фенотип”. “Вместе с тем, принцип сохранения генетической целостности образцов предполагает, что в большинстве случаев (особенно в отношении генресурсов перекрестно опыляемых культур и образцов староместных сортов и диких родичей, представленных не «клонами», а
популяциями) за одним образцом генетических ресурсов растений стоит ансамбль генотипов, – отметила Елена Хлесткина. – Это означает, что за высокопроизводительным генотипированием одного такого образца будет, по сути, стоять анализ геномов нескольких десятков индивидуальных организмов. Более того, потомство каждого такого генотипированного индивидуума для максимально эффективного использования извлеченной геномной информации в свою очередь должно быть включено в качестве отдельного образца для поддержания в коллекции”.
“Таким образом, – подытожила она, – с одной стороны современные возможности геномики и биоинформатики привносят коррективы в управление и использование биоресурсных коллекций, а, с другой стороны именно биоресурсные коллекции, как научно систематизированные собрания генетического разнообразия, должным образом задокументированные и должным образом поддерживаемые в живом виде, позволяют осмысленно подойти к использованию современных методических возможностей и рационально тратить кадровый, временной и материальный ресурс, затрачиваемый на
постгеномные исследования”.
Напомним, что Международные школы молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» ежегодно проводит Федеральный Исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН; на них приезжают более 100 молодых ученых из России и более 10 других стран.
Однако в этом году мероприятие проходит не в традиционном Новосибирске, а в Крыму и организовано силами четырех организаций: НИЦ «Курчатовский институт» ( Москва), ИЦиГ СО РАН (Новосибирск), «Никитский ботанический сад — Национальный научный центр» (Ялта, пгт Никита) и ФГАОУ ВО «Севастопольский государственный университет», СевГУ ( Севастополь).
Использование биоресурсной коллекции в образовании
ПРАВИТЕЛЬСТВО РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 22 апреля 2019 г. № 479
МОСКВА
(В редакции постановлений Правительства Российской Федерации от 17.10.2019 № 1331, от 28.08.2021 № 1441)
В целях реализации Указа Президента Российской Федерации от 28 ноября 2018 г. № 680 «О развитии генетических технологий в Российской Федерации» Правительство Российской Федерации постановляет:
2. Министерству науки и высшего образования Российской Федерации совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и федеральным государственным бюджетным учреждением «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» представлять в Правительство Российской Федерации начиная с 2020 года ежегодно, до 25 марта года, следующего за отчетным, доклад о ходе реализации Программы, утвержденной настоящим постановлением.
Председатель ПравительстваРоссийской Федерации Д.Медведев
УТВЕРЖДЕНАпостановлением ПравительстваРоссийской Федерацииот 22 апреля 2019 г. № 479
(В редакции постановлений Правительства Российской Федерации от 17.10.2019 № 1331, от 28.08.2021 № 1441)
Наименование Программы |